Asal mula nama Bengkalis diambil dari Kata ” Mengkal” yang berarti sedih atau sebak dan ” Kalis” yang bearti tabah, sabar dan tahan ujian kata ini di ambil dari ungkapan raja kecil kepada pembantu dan pengikutnya sewaktu baginda sampai di pulau Bengkalis ketika ingin merebut tahta kerajaan Johor. dengan ungkapan ” Mengkal rasanya hati ini karena tidak diakui sebagai Sultan yang memerintah negeri, namun tidak mengapalah, kita masih kalis dalam menerima keadaan ini ” sehingga menjadi buah bicara penduduk bahwa baginda sedang Mengkal tapi masih Kalis akhirnya ungkapan itu menjadi perkataan ” oh baginda sedang Mengkalis ” dari kisah ini timbullah kata mengkalis, bahkan berubah menjadi kata Bengkalis.
Sejarah Bengkalis bermula ketika Tuan Bujang alias Raja Kecil bergelar Sultan Abdul Jalil Rahmat Syah mendarat di Bengkalis pada tahun 1722. Beliau di sambut oleh batin Senggoro dan beberapa Batin pucuk suku “asli” Batin Merbau, Batin Selat Tebing Tinggi dll. Berita Raja Kecil adalah pewaris kerajaan Johor semakin menumbuhkan rasa hormat Batin-Batin di maksud, sehingga mereka mengusulkan agar Raja Kecil membangunkan kerajaannya di pulau Bengkalis. Bengkalis merupakan Kabupaten dengan julukan Negeri Junjungan, pusat kota terletak di Kecamatan Bengkalis terdiri dari etnis Melayu, Tionghoa, Jawa, Batak, Minang dengan mayoritas penduduknya adalah Melayu.
Adapun kedatangan Raja Kecil beserta pembantu dan pengikutnya disambut oleh Batin Senggoro, Batin Merbau, Batin Selat Tebing Tinggi dll. Raja Kecil adalah pewaris Raja Johor, sehingga membuat batin-batin tersebut lebih hormat dan mereka mengusulkan agar Raja Kecil membangunkan kerajaannya di pulau Bengkalis. Namun melaui musyawarah beliyau dengan Datuk Laksemana Bukit Batu, Datuk Pesisir, Datuk Tanah Datar, Datuk Lima Puluh dan Datuk Kampar dan para Batin, di sepakati bahwa pusat kerajaan didirikan di dekat Sabak Aur yakni di sungai Buantan salah satu anak Sungai Siak, pusat kerajaan itu didirikan pada tahun 1723. Kerajaan inilah kemudian berkembang menjadi kerajaan Siak Sri Indra Pura, yang pernah menguasai kawasan yang luas di pesisir pantai Sumatra bagian utara dan tengah sampai ke perbatasan Aceh.
Catatan sejarah menunjukkan, bahwa Bengkalis pernah menjadi basis awal kerajaan Siak. Di Bengkalislah wawasan mendirikan kerajaan Siak di mufakati. Dan di Bengkalis pula bantuan moral dari rakyat di padukan ketika beliau keluar dari Bintan. Sejarah juga mencatat, setelah belanda semakin berkuasa. Maka Bengkalis pula yang menjadi tempat kedudukan residen pesisir timur pulau Sumatra berdasarkan perjanjian dengan Sultan Syarif Kasim Abdul Jalil Syarifudin menyerahkan pulau bengkalis kepada Hindia Belanda tanggal 26 Juli 1823.
Sejarah juga mencatat sebelum kedatangan Raja Kecil, Bengkalis sudah menunjukkan peran penting dalam arus lalu lintas niaga di selat Melaka. Terutama sebagai persinggahan saudagar yang keluar masuk sungai Siak. Bahkan sejak Tapung (Petapahan) di temui timah (1674) dan emas.peran Bengkalis dalam hubungan Melaka dengan kerajaan di pesisir timur Sumatra semakin besar, terutama dimasa berdirinya kerajaan Gasib. Di masa pemerintahan Sultan Mansur Syah tahun (1459-1477) Gasib di kuasai oleh Melaka, raja Gasib yang belum menganut agama Islam di Islamkan dan di beri gelar Sultan ” Ibrahim” dan di jadikan wakil Sultan Melaka di Gasib, sejak itu kerajaan Gasib di bawah kepimpinan Sultan Ibrahim ( Sebelum di Islamkan bernama Megat Kudu) menjadi kawasan pengembangan Islam.